Effetto della fucosilazione del nucleo Fc e dell'isotipo della catena leggera sulla flessibilità delle IgG1

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Jun 04, 2023

Effetto della fucosilazione del nucleo Fc e dell'isotipo della catena leggera sulla flessibilità delle IgG1

Communications Biology volume 6, Numero articolo: 237 (2023) Cita questo articolo 847 Accessi 3 Dettagli metriche altmetriche La N-glicosilazione gioca un ruolo chiave nel modulare la bioattività dei farmaci monoclonali

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La N-glicosilazione gioca un ruolo chiave nel modulare la bioattività degli anticorpi monoclonali (mAb), così come l'isotipo della catena leggera (LC) può influenzarne le proprietà fisico-chimiche. Tuttavia, studiare l’impatto di tali caratteristiche sul comportamento conformazionale dei mAbs è una grande sfida, a causa dell’elevata flessibilità di queste biomolecole. In questo lavoro indaghiamo, mediante dinamica molecolare accelerata (aMD), il comportamento conformazionale di due immunoglobuline commerciali G1 (IgG1), rappresentative degli anticorpi κ e λ LC, sia nella loro forma fucosilata che afucosilata. I nostri risultati mostrano, attraverso l'identificazione di una conformazione stabile, come la combinazione di fucosilazione e isotipo LC moduli il comportamento della cerniera, la conformazione Fc e la posizione delle catene di glicani, tutti fattori che potenzialmente influenzano il legame agli FcγR. Questo lavoro rappresenta anche un miglioramento tecnologico nell'esplorazione conformazionale dei mAb, rendendo l'aMD un approccio adatto per chiarire i risultati sperimentali.

La maggior parte degli anticorpi monoclonali (mAb) clinicamente disponibili sono immunoglobuline G1 (IgG1)1, a causa della loro maggiore stabilità e potenti funzioni effettrici rispetto ad altre sottoclassi di IgG. I mAb sono composti da tre domini: due domini di legame dell'antigene frammento (Fab) e un frammento cristallizzabile (Fc), comprese le catene pesanti e leggere (rispettivamente HC e LC), entrambi contenenti regioni variabili e costanti. I domini variabili sono responsabili della risposta immunitaria adattativa o, nel caso dei mAb commerciali, del legame selettivo con un antigene bersaglio. Gli anticorpi possono presentare due diversi isotipi di LC, vale a dire κ e λ2. Il rapporto tra anticorpi contenenti LC κ o λ varia considerevolmente tra le specie3 e, considerando i ~ 100 mAb terapeutici approvati, solo pochi contengono un LC4 λ. Pochi studi sono stati pubblicati sul confronto funzionale e strutturale tra questi due isotipi, suggerendo differenze nella cooperatività e flessibilità dei domini Fab5 e nelle proprietà strutturali delle regioni che determinano la complementarità (CDR)6. La capacità delle IgG1 di attivare il sistema immunitario mediante l'interazione dell'Fc con specifici recettori Fcγ (FcγR) è considerata un aspetto chiave regolato anche dalla N-glicosilazione sull'Asn297 conservato nell'Fc7,8. L'alterazione della lunghezza, della composizione e della carica dei glicani può influire sull'integrità strutturale e sulla conformazione del dominio Fc, modificando così l'affinità di legame con gli FcγR e influenzando la risposta immunitaria9,10. In particolare, la fucosilazione del core può influenzare la citotossicità cellulare anticorpo-dipendente (ADCC), poiché diminuisce l'affinità di legame delle IgG1 al FcγRIIIa (un recettore attivato a bassa affinità)1,11,12,13,14,15,16, 17.

Nonostante queste osservazioni, il ruolo strutturale delle differenze LC nel modulare il comportamento funzionale di queste biomolecole, sia in termini di riconoscimento dell'antigene che di attivazione della funzione effettrice, non è mai stato studiato. Alcuni studi18,19, hanno proposto ipotesi per spiegare l'effetto della fucosilazione sulle funzioni effettrici, concentrandosi però solo sulla Fc senza considerare il ruolo dei domini cerniera e Fab. Nel nostro lavoro precedente20, abbiamo proposto che la presenza di fucosio possa modulare il comportamento conformazionale dell'intero mAb inducendo una preferenza per una conformazione a T, in linea di principio meno adatta al legame con i recettori. In accordo con i nostri risultati precedenti, Spiteri et al. hanno dimostrato come i glicani possano introdurre vincoli strutturali, confrontando IgG1 glicosilate e aglicosilate. Questo lavoro mostra che la rimozione dei glicani influenza la separazione Fab-Fc, modulando la flessibilità della proteina, consentendo all'anticorpo di esplorare uno spazio conformazionale diverso e influenzando il legame con gli FcγRs21. In questo lavoro, indaghiamo il ruolo del fucosio e dei due isotipi LC nel comportamento strutturale delle IgG1, utilizzando un innovativo approccio in silico per mAbs, basato su una combinazione di simulazioni di dinamica molecolare classica e accelerata (cMD e aMD, rispettivamente ). È stato effettuato un confronto tra la forma afucosilata (G0) e quella fucosilata (G0F) di adalimumab e avelumab, due IgG1 commerciali che sono buoni modelli di anticorpi κ e λ LC, suggerendo un ruolo chiave delle λ LC nel modulare la dinamica degli anticorpi IgG1. Per quanto ne sappiamo, la combinazione di metodi MD di campionamento standard e avanzato non è mai stata utilizzata nel contesto del comportamento conformazionale dei mAbs. Di conseguenza, i nostri risultati possono aprire la strada a nuove prospettive future (sperimentali e computazionali) nello studio della flessibilità degli anticorpi.

 90° for both Fab), as shown in Fig. 2. On the opposite, both G0 and G0F avelumab are prone to reach a T-shaped conformation, with θ > 90° in at least one Fab in G0 avelumab, and in both Fab domains in G0F avelumab. According to this analysis, the role of fucose in promoting the T-shaped conformation is confirmed for both isotypes. On the other hand, a putative role of the λ LC in promoting a T-shaped conformation, even in the absence of fucose, is figured out. Moreover, especially for avelumab, these results clearly spotlight the limit of cMD methods in exploring large conformational spaces of such flexible proteins. At the same time, aMD opens to the identification of other descriptors that allows a thorough investigation of the conformational behavior. Starting from these results, since the scope of aMD simulations was to identify minimum energy structures, the following analyses were focused on the frames and the corresponding conformations included in the identified energy minimum./p> 90° for both Fab domains, and we took into account also the conformational variability expected from MD simulations. The distance between the CH2 domains was measured between the glycosylated Asn using MDTraj38. Then, box plots were produced to evaluate the statistical significance of the observed values in the total 21,000 frames. For the aMD, a reweighing procedure was applied according to methods described by Miao et al.40 using Maclaurin expansion to the 10th order to approximate the free energy surface of the system as a function of θ angles. The RMSD matrices for the cluster analysis (of both cMD and aMD) were generated with CPPTRAJ41, while the clusters were obtained using a customized script based on the GROMOS algorithm42. In the case of antibodies C-alpha atoms were considered for the analysis, while for glycans the oxygens involved in glycosidic bonds. RMSD-threshold of 7.5 Å and 6.5 Å were used for the antibodies in cMD and aMD, respectively, and the maximum number of clusters was set to 15 and 10, respectively. For glycans clustering the RMSD-threshold was set to 1 Å and the maximum number of clusters to 10. The essential dynamics (ED) was computed on the overall trajectories by the covariance analysis tool of GROMACS 2020.120,43. Then, the resulting trajectories, projected along the first and the second eigenvectors, were filtered by the frames included in the energy minimum that was identified from the FES (computed as function of θ angles) and were used to calculate the Δϕ distribution. The minimum distance between glycan chains was computed by CPPTRAJ41 and the “nativecontacts” tool with the “mindist” option, while the distance between the center of mass of each chain and itself was computed with the “distance” tool. For the latter, the trajectories were pre-aligned on the Fc. The contacts between LCs and the hinge region were computed by CPPTRAJ41 with the “nativecontacts” tool, considering heavy atoms and a threshold distance of 4 Å. The hydrogen bonds (H-bonds) analysis was computed by a customized python script based on the MDTraj H-bonds identification tool20./p>

3.0.CO;2-M" data-track-action="article reference" href="https://doi.org/10.1002%2F%28SICI%291521-3773%2819990115%2938%3A1%2F2%3C236%3A%3AAID-ANIE236%3E3.0.CO%3B2-M" aria-label="Article reference 42" data-doi="10.1002/(SICI)1521-3773(19990115)38:1/23.0.CO;2-M"Article CAS Google Scholar /p>